Il terreno di Santorini e peculiare poiche presenta una composizione di polvere vulcanica, terra e cenere; nonostante il suolo biancastro sia facilmente scavabile, non presenta cedimenti, proprio per questo motivo gli abitanti piu poveri solevano scavare grotte orizzontali ed usarle come abitazioni. Gli unici varchi che permettevano all’aria e alla luce di penetrare erano l’entrata, la finestra e il lucernario. Una tipica casa grotta consta di due stanze; quella piu interna, che veniva di solito adibita a camera da letto, presenta delle aperture verso la superficie. Alcune case presentano una terza stanza utilizzata come deposito. Di fronte alla casa grotta, che si sporge ai piedi della collina, si trova un cortile in cui c’e una cisterna per la raccolta dell’acqua, una piccola cucina e un bagno, tutto in pietra. Gran parte delle abitazioni sono state costruite sul ciglio della caldera nei villaggi di Fira ed Ia. I villaggi di Vothonas, Finikia e Karterados sorgono sulle pareti di alcuni burroni, in cui sono state scavate le abitazioni. Le case grotta si trovano anche nei villaggi medievali fortificati di Pyrgos, Emporio e Akrotiri; oggi questo genere di case e molto caro, a causa della loro posizione privilegiata ed unicita. Secondo i principi dell’architettura bioclimatica queste abitazioni sono l’ideale poiche rimangono calde d’inverno e fresche d’estate.